各水體監測項目調整原則為符合法規標準要求及利於數據審查或污染原因研判。分析作業以環境部國家環境研究院公告「環境檢驗品質管制指引通則」（NIEA-PA101）、「水質檢測方法總則」（NIEA W102.51C）為基本規範，並以相關類別之檢驗方法進行各項水質檢測工作，惟環境水體基質複雜，水質污染物濃度範圍較難界定，為對檢測數據品質有較高之要求，部分特定項目之檢驗方法採較嚴格限制，例如氨氮檢測不得使用氨選擇電極及消化法，硝酸鹽氮檢測不得使用馬錢子鹼方法，重金屬六價鉻不得使用 MIBK 萃取，透明度限定使用沙奇盤直徑 30cm 等等。有關監測項目之檢驗方法可前往水質監測方法查詢。