自然水體矽主要來源為矽酸鹽與矽酸鹽礦物的水解。當風化釋放的 H4SiO4 很高時可以生成 SiO2 沉澱，晶與無定形之 SiO22 亦可以溶解，又不同溫度溶解度亦有影響，如 25℃ 為 6.0mg/L 而 84℃ 為 26 mg/L。在天然水體中 SiO2 含量高於石英平衡時的含量而低於無定形 SiO2，大部分情況介於 1 至 30 mg/L 之間；少數區域可以達到 100 mg/L。在某些極端情況下如溫度較高間歇性溫泉中 SiO2 含量則高達 762 至 804mg/L。在表層海洋水 SiO2 含量低於 1mg/L，湖水中 SiO2 亦不高係因生物吸收作用有關，一般矽被積聚生物貝殼及骨骼中。