自然的河水大部分都是清澈的，不過水中的藻類比較多時，水色呈綠色；石灰質較高的水，水色呈藍，硫磺進入的水，水色呈紅；泥質較高的水，水色則呈黑色。工業污染也會為河流染顏色，例如含銅高的污水呈現藍色、紙廠的污水呈現黑色、未經處理的染料廢水等。這些顏色的源頭都是化學物質，有時甚至會為河流邊岸、石頭、堤防染上顏色。