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相關監測井依其功能目的作區分包含下列幾項：

1. 水質監測：對於河川、湖泊、水庫、海洋及地下水水質參數的測定，監測可採自動或連續方式進行。
2. 地下水監測系統：為探查地下水水質或水量的變化而設置的監測系統。通常以監測水井進行監測。例如：通常要知道掩埋場的地下水是否受到污染，會於掩埋場水力坡降線上游鑿一參考井，代表未受滲出水污染的地下水水質，在水力坡降線下游於不同深度至少設三口監測水井作水質採樣分析，以探查不同深度的地下水層受滲出水影響的情況。
3. 污染源監測井：此類監測井主要在監測某一特定或潛在污染物附近的地下水水質變化，可能因不同監測目的而有兩種性質，包括偵察與評估。前者在增加地下水污染的預警能力，後者則在已知地下水遭受污染時用以評估污染物的濃度與範圍，此類監測井多屬場置性監測井。
4. 查證監測井：此類監測井通常是為了已發生實際問題的污染案件而設置，目的在收集證據確認污染來源以協助解決污染糾紛，通常此類監測井具有法令強制效益，監測井設置品質要求較高。